Variants préoccupants actuellement désignés VOC OMS

[Mise à jour le 21 juin 2022 à 16h22] La souche initiale du Sars-CoV-2 apparue fin 2019 et qui s'est depuis répandue dans le monde mute régulièrement. Après le variant Delta en 2021, c'est le variant Omicron qui est majoritaire en France en 2022 (et à l'international). "Delta a aujourd'hui quasiment disparu, et les recombinants Delta/Omicron (XD, XF, XS) n'ont pas largement diffusé" informe Santé Publique France dans sa dernière analyse de risque des variants publiée le 15 juin 2022. Au sein du variant Omicron, le sous-lignage BA.2 est encore majoritaire à l'échelle mondiale (y compris en France), mais trois sous-lignages sont en augmentation : BA.2.12.1, BA.4 et BA.5. Qu'est-ce qu'un variant ? Quels sont les variants actuels ? Quelle est sa transmission ? L'efficacité des vaccins ? Que sait-on de leurs symptômes ? Infos à date.

C'est quoi un virus variant ?

Tous les virus, y compris le Sars-CoV-2, évoluent au fil du temps et mutent. Le potentiel de mutation des virus augmente avec la fréquence des infections (humaines et animales). La plupart des mutations passent inaperçues et ne modifient en rien les effets du virus. Il peut même être moins contagieux. L'émergence de nouvelles variantes des virus n'est donc pas inattendue des scientifiques mais elles inquiètent dès lors qu'elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l'hôte, expliquait l'ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Ces nouvelles souches ou "variantes" sont alors analysées et suivies de près. 

L'émergence de variants au cours du temps est donc un phénomène attendu.

Quelle est la liste des variants du Covid ?

'Les virus se caractérisent dans leur immense majorité par une évolution génétique constante, plus ou moins rapide selon les virus. Elle survient notamment suite à des mutations introduites dans leur génome. Pour un virus comme le SARS-CoV-2, l'émergence de variants au cours du temps est donc un phénomène attendu" rappelle Santé Publique France. Les variants sont classés en trois catégories selon leurs risques : VOC, VOI et VUM par l'OMS.

• Variant préoccupant, ou VOC (" variant of concern " en anglais) : Un variant préoccupant du SARS-CoV-2 est un variant qui répond à la définition du variant à suivre (voir ci-dessous) et dont on a montré, au moyen d'une évaluation comparative, qu'il est associé à un ou plusieurs des changements suivants, qui ont une certaine importance pour la santé publique mondiale :

  • Augmentation de la transmissibilité ou évolution préjudiciable de l'épidémiologie de la COVID‑19 ; ou
  • Augmentation de la virulence ou modification du tableau clinique ; ou
  • Diminution de l'efficacité des mesures de santé publique et sociales ou des outils de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles.
    Variants préoccupants (VOC) désignés par l'OMS- Mai 2022 © OMS
Lignages de variant Covid sous surveillance de l'OMS - Mai 2022
Lignages sous surveillance de l'OMS – Mai 2022 © OMS
VOC ayant circulé dans le monde et en France
VOC ayant circulé dans le monde et en France © OMS

• Variant à suivre, ou VOI ("variant under investigation" ou "variant of interest" en anglais) : Variant du SARS-CoV-2 :

  • qui présente des modifications génétiques dont on sait qu'elles affectent ou dont on prévoit qu'elles affecteront les caractéristiques du virus telles que la transmissibilité, la gravité de la maladie, l'échappement immunitaire, la capacité d'échapper au diagnostic ou au traitement ; ET
  • qui cause une transmission communautaire importante ou plusieurs foyers de COVID-19, dans plusieurs pays, entraînant une prévalence relative croissante ainsi qu'une augmentation du nombre de cas dans le temps, ou d'autres conséquences épidémiologiques observables qui font craindre un risque émergent pour la santé publique mondiale. 
Variants à suivre (VOI) désignés par l'OMS mars 2022
Variants à suivre (VOI) désignés par l'OMS en mars 2022 © OMS

Quels sont les noms des variants du Covid ?

Le 31 mai 2021, l'OMS a décidé de renommer les variants principaux de Covid avec des lettres grecques (c'est-à-dire Alpha, Beta, Gamma…) afin de faciliter leur prononciation, de les retenir plus facilement et d'éviter aussi leur association "stigmatisation et discriminatoire" avec les pays où ils ont émergé (comme on a appelé le variant "anglais", le variant "indien"…), a expliqué l'autorité dans un communiqué. Ces nouveaux noms ne remplaceront pas les noms scientifiques existants (par exemple ceux attribués par GISAID, Nextstrain et Pango), qui véhiculent des informations scientifiques importantes et continueront à être utilisés dans la recherche (comme B.1.1.7 pour le variant dit "anglais"). L'alphabet grec compte 24 lettres.

Numéro des lettres Nom des lettres dans l'alphabet grec (en gras les noms utilisés pour les variants du Covid)
1 Alpha
2 Bêta
3 Gamma
4 Delta
5 Epsilon
6 Zêta
7 Eta
8 Thêta
9 Iota
10 Kappa
11 Lambda
12 Mu
13 Nu
14 KSI/Xi
15 Omicron
16 Pi
17 Rhô
18 Sigma
19 Tau
20 Upsilon
21 Phi
22 Khi/Chi
23 Psi
24 Oméga

Liste complète des noms de tous les variants du Covid

Quels sont les variants actuels en France ?

Le variant Omicron reste "hégémonique" en France et à l'internationale, explique Santé Publique France le 15 juin. Delta a aujourd'hui quasiment disparu, et les recombinants Delta/Omicron (XD, XF, XS) n'ont pas largement diffusé. "L'émergence de nouveaux variants est attendue, dont certains pourraient avoir des caractéristiques différentes, prévient l'agence de santé. L'émergence des sous-lignages BA.4 et BA.5 d'Omicron, associée à un signal épidémiologique en Afrique du Sud, au Portugal et aujourd'hui en France, est l'exemple le plus récent de l'impact de l'évolution constante du SARS-CoV-2 sur le profil de la pandémie. L'hypothèse d'un futur variant dominant plus pathogène qu'Omicron, intrinsèquement ou par un échappement plus important à la réponse immunitaire, ne peut pas non plus être exclue."

Evolution des variants en france
Classement des variants au 15 juin 2022 et détection en France métropolitaine © Santé Publique France
évolution des variants en france
Evolution de la circulation des variants du Covid en France © Santé Publique France

Le premier cas de variant du Covid – il s'agissait du variant Alpha (anglais) – en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre 2020, à Tours. Il s'agissait d'un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Arrivé de Londres le 19 décembre, il a été pris en charge au CHU le 21 et détecté positif. Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre National de Référence (CNR) des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l'infection. La personne, asymptomatique pour la Covid19, a été isolée à son domicile et se porte bien.  Le premier cas associé au variant Beta venu d'Afrique du Sud en France a été confirmé dans un communiqué du 31 décembre 2020.

Le variant Omicron

Le variant Omicron (21K, B.1.1.529) a été classé VOC par l'OMS le 26 novembre 2021. Ce variant moins virulent que les variants précédents est beaucoup plus contagieux. Il est rapidement devenu dominant en France entre novembre 2021 et janvier 2022 pour totalement remplacer le variant Delta.

Le variant BA.5

Après avoir eu les variants BA1 et BA2, la France subit en juin 2022 une progression des sous-lignages BA.4 et BA.5, responsables d'un rebond épidémique

Quels sont leurs dangers ?

La mutation d'un virus ne signifie pas forcément qu'il soit plus dangereux. Une mutation peut rendre un virus plus contagieux donc faire plus de malades sans être plus graves pour les personnes contaminées. Cependant, plus il y a de cas, plus la pression hospitalière est forte et plus la mortalité s'élève

Nom Impact en santé publique
Variant Omicron

70% plus contagieux que le Delta (données sud-africaines et écossaises)

Risque 5 fois plus élevé de réinfection que Delta

Réduction de 70-80% du risque d'hospitalisation  (données sud-africaines et écossaises)

Formes moins sévères que Delta

Variant Delta  20A/484Q (B.1.617)

Augmentation de la transmission de 97% vs le virus de référence

55% plus transmissible que le variant Alpha.

Données en faveur d'un impact sur l'échappement immunitaire post-vaccinal supérieur à celui de Alpha, surtout en cas de vaccination incomplète (1 seule des 2 doses)

Augmentation du risque d'hospitalisation ; augmentation possible du risque de forme sévère et de décès

Eléments en faveur d'une charge virale plus élevée par rapport au virus de référence et à Alpha

Diminution possible de l'intervalle intergénérationnel

Données préliminaires in vitro et en vie réelle sur un risque accru de réinfection par rapport à Alpha et au virus de référence

Quelle est la contagiosité des variants du Covid ?

Dans une analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée avec le CNR des virus des infections respiratoires, Santé publique France indique les risques de transmissibilité des variants Covid préoccupants par rapport à la souche initiale. Pour le variant Omicron "les analyses réalisées à l'international ont confirmé qu'Omicron présente un taux de croissance jusqu'à 3,7 fois plus élevé que Delta" informe Santé Publique France le 5 janvier. 

Variant Alpha  Variant Beta  Variant brésilien Gamma  Variant Delta Variant Omicron Variant Omicron BA2
+29% par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2 +25%  par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2 +38%  par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2 +97%  par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2  +30% par rapport au variant Delta +30% par rapport à Omicron initial (BA1)

Quels sont les symptômes des variants du Covid ?

Selon les observations, les signes cliniques observés chez les personnes positives au variant du coronavirus n'ont pas différé des signes observés avec le virus originel. Avec le variant Omicron, cependant, les spécialistes ont rapporté des formes plus bénignes de la maladie, des maux de tête, une grosse fatigue, un rhume ou une grippe, et moins de formes sévères à type de pneumopathies qu'observées auparavant.

Comment savoir si on est contaminé par un variant ?

La stratégie de dépistage des variants a évolué au fil des virus observés. Santé publique France et ses partenaires ont mis en place un système de surveillance de l'épidémie de Covid-19 et de ses variants. Cette surveillance des variants s'appuie sur deux méthodes complémentaires : le criblage et le séquençage. L'objectif du criblage est d'identifier les mutations permettant de suspecter certains variants connus, dans un délai d'environ 24 heures après le diagnostic de l'infection. Le séquençage est la méthode de référence permettant de confirmer les suspicions de variant. L'objectif du séquençage est de caractériser avec certitude le type de variant responsable de l'infection. 

      Les vaccins sont-ils efficaces ?

      Le variant Omicron est caractérisé par un avantage de transmission par rapport aux variants circulants précédemment, en particulier le variant Delta qui était majoritaire lors de l'émergence d'Omicron. Cet avantage explique le remplacement rapide de Delta par Omicron observé à l'échelle mondiale. Si une part de cet avantage de transmissibilité est intrinsèque à Omicron, qui présente également une stabilité accrue dans l'environnement, un facteur majeur est l'important échappement d'Omicron à la réponse immunitaire. Les études in vitro ont montré une séroneutralisation réduite d'Omicron par les anticorps post-vaccinaux et post-infection. "Les estimations d'efficacité vaccinale sont toutes en faveur d'une protection limitée contre l'infection, mais la protection reste très élevée contre les formes graves, surtout avec une dose de rappel" confirme Santé Publique France. L'échappement à la réponse immunitaire d'Omicron est aussi associé à des taux de réinfection par Omicron (suite à une infection préalable par un autre variant) plus élevés que pour les variants circulant précédemment.

      Sources

      Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2 réalisée conjointement par Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires Mise à jour du 15/06/2022. Santé Publique France.

      Sources principales d'information: OMS, Weekly epidemiological update 25/05/2021 et 01/06/2021 ; US CDC ; ECDC, Teyssou et al. 2021, J Infect

      Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France

      Premières détections de cas de contamination au variant B.1.617 du SARS-CoV-2, ministère de la Santé, 30 avril 2021.

      Variants du SARS-CoV-2. Bulletin d'information sur les flambées épidémiques. 31 décembre 2020. OMS

      Stratégie de freinage de la propagation des variantes du Sars-CoV-2 : renforcement spécifique sur les variantes d'intérêt 20H/501Y.V2 ET 20J/501Y.V3. DGS. 7 février 2021.

      Avis du Conseil scientifique Covid-19 "Entre vaccins et variants : une course contre la montre". 12 janvier 2021.

      Report 42 – Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: insights from linking epidemiological and genetic data. Imperial College London. 31 décembre 2020.

      The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant Ministerial Briefing, 18 décembre 2020.

      Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ 2020; 371. 16 décembre 2020.

      Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID19 Virus. Cell. 20 août 2020.

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